Posumnja li se na celijakiju, ispitivanje se obično započne vađenjem krvi. Ako nalaz krvi upućuje na celijakiju, sumnju treba potvrditi endoskopskom pretragom s biopsijom. Ta pretraga omogućuje liječniku pregled unutrašnjosti bolesnikovih crijeva i uzimanje sitnih uzoraka crijevne sluznice koji će se pregledati pod mikroskopom. Na taj način liječnik može procijeniti ima li oštećenja tkiva i upale tipičnih za celijakiju. Druge pretrage treba provesti samo u određenim slučajevima. U djece sa sumnjom na celijakiju katkad se dijagnoza postavlja bez biopsije, ali uz nekoliko preduvjeta.
Katkad smetnje nalikuju celijakiji, ali ju rezultati pretraga ne potvrđuju. U tom slučaju problemi mogu biti uzrokovani pšenicom ili glutenom, ali nisu posljedica celijakije. Liječnik treba potvrditi ili isključiti takva stanja.
